在发生克罗恩病后，身体会出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道疾病症状，大家此时都会以胃肠道炎症疾病去进行治疗，这样往往治疗的最后结果反而背道而驰，其实这属于罕见的克罗恩病。
1.溃疡
早期浅小溃疡，后成纵行或横行的溃疡，深入肠壁的纵行溃疡即形成较为典型的裂沟，沿肠系膜侧分布，肠壁可有脓肿。
2.卵石状结节
由于黏膜下层水肿和细胞浸润形成的小岛突起，加上溃疡愈合后纤维化和瘢痕的收缩，使黏膜表面似卵石状。
3.肉芽肿
无干酪样变，有别于结核病。
4.瘘管和脓肿
肠壁的裂沟实质上是贯穿性溃疡，使肠管与肠管、肠管与脏器或组织(如膀胱、阴道、肠系膜或腹膜后组织等)之间发生粘连和脓肿，并形成内瘘管。如病变穿透肠壁，经腹壁或肛门周围组织而通向体外，即形成外瘘管。
5、感染。本病的病理变化和临床表现与一些溃疡性结肠感染性疾病比较相似，因而认为感染是本病的病因。目前的研究表明在细菌、真菌和病毒等多种因素中，病毒的可能性比较大。
6、神经精神因素。我们都知道，心情不好的话会引起很对疾病，那么有人认为精神因素与此病也有一定的关系，心身疾病证明心理因素在疾病的发生或病程中起重要作用，对于生活中重大事件的心理承受能力和适应性差的人，有可能会引起此类疾病的发生。
7、自身免疫反应。多数学者认为本病属于自身免疫性疾病。因为本病并发自身免疫病者较多，在部分患者的血清中可查到抗结肠上皮细胞抗体，所以认为本病的发生可能与自身免疫反应有关。