近年来的研究证明沙眼病原体为衣原体的一种，界于细菌与病毒之间，简称沙眼衣原体。在卫生条件差的流行区，常有重复感染。 原发感染使结膜组织对沙眼衣原体致敏，再遇沙眼衣原体时，可引起迟发超敏反应。这可能是沙眼急性发作的原因，是重复感染的表现。随着生活水平的提高，沙眼的发病率已大大降低。
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