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跑步后头痛属于运动后头痛，一般大多数的运动后头痛都属于相对良性的头痛，大多数都不存在神经系统的病变，引发良性运动后头痛的原因大致有以下几点：
第一，平时比较少锻炼的人，进行了剧烈运动，机体对于能量和氧气的需求就会急剧增加，为了弥补大脑的血液供应，脑血管就会扩张，血压升高，这样就导致颅内压一过性的升高，从而出现头痛的症状。这种情况就类似于那些常年生活在平原地区的人，要是突然来到了高原地区，会出现头痛。
第二，运动的时候机体需要消耗大量的能量，它主要来源于血液中葡萄糖的分解，当运动者在饥饿的状态或者是运动环境过冷、过热的时候，可能会出现能量不足，血糖下降，出现头晕、头痛、无力以及出虚汗的症状。
第三，运动的时候过度换气会导致低碳酸血症，这也是头痛的直接原因，这种头痛就常见于长跑运动的时候。
第四，偏头痛，要是有偏头痛病史的人，可能在运动后出现运动诱发的偏头痛。
第五，还有一部分原因可能是跑步的姿势不对，比如鞋子不合适，或者跑步对大脑的震动造成的头痛，对于此种情况，就避免过度的剧烈运动，跑步的时候尽量不要用脚跟先着地，要穿带气垫的鞋，减少对大脑的震动。
