一般治疗
少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，手术有两种方式。
(一)单纯性脓肿的治疗
可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用凡士林纱条放入脓腔做引流。
(二)脓腔与肛瘘相通的脓肿
可在切开脓肿后，用探针仔细检查内口，然后切开瘘管，适当切除皮肤和皮下组织，内口周围组织也稍加切除，使引流通畅。如内口较深，瘘管通过肛管括约肌，可采用挂线疗法。以上手术优点是脓肿一期治愈，不再形成肛瘘。但在急性炎症中，找内口有困难时，不应盲目寻找，以免炎症蔓延或形成假道，仅做切开排脓，待形成肛瘘后，再做肛瘘手术。二期手术优点是效果准确，治愈率高。
肛周脓肿中医治疗
辨证论治
1)实证肛痈：证属湿热内蕴郁毒内生。症见肛门红肿热痛明显，大便秘结，小便短赤，舌质红苔黄腻，脉数。
治法：清热解毒利湿。处方：紫花地丁、蒲公英各30克，银花15克，赤芍、半枝莲各12克，野菊花、黄芩各10克。
2)虚证肛痈：证属阴虚内热湿热内生。症见肛门皮色不变，界限不明显，不隆起或轻度隆起，脓液白稀，全身乏力，有虚热，舌质红苔腻，脉细。
治法：养阴清热利湿。处方：当归、黄柏各9克，白芍、熟地、地骨皮、青蒿、沙参、麦冬、天冬各10克。
用法：水煎服分3次服，每日1剂。
1.药物治疗
（1）抗炎表浅的脓肿可以选择口服抗生素，一般用广谱抗生素。对范围相对大的脓肿需要联合用药，甲硝唑、硫酸依替米星、卡那霉素、链霉素等。
（2）外用药涂金黄膏、活血止痛散、四黄膏、玉露膏等。
（3）中药内服明·薛已校注的《外科精要》中提出初起予以消散，成脓期予以托毒的治疗理念。可以用仙方活命饮、黄连解毒汤加减。
2.手术治疗
（1）抽脓减压局部消毒，用20ml注射器从脓肿最薄弱处刺入脓腔，抽取脓液，边抽边上下移动针头，直至无脓可抽。
饮食原则
1)绿豆粥
主料：大米250克，绿豆150克，白砂糖200克，常用水适量。
做法：将大米用清水淘净;绿豆去杂质，用清水洗净。将绿豆放入锅中，加清水2升左右，旺火烧滚。以小火焖烧40分钟左右，至绿豆酥烂时，放入大米。用中火烧煮30分钟左右，煮至米粒开花，粥汤稠浓即可。冷却后，加白糖拌和食用。
2)芹菜粥
原料：鲜芹菜100克，粳米50克，精盐适量。
做法：取粳米煮成粥。