目前，直肠癌的病因中，已经明确的病因就是指脂肪，以及蛋白质摄取量过高存在直接的联系，但其他方面并没有得到完全的明确，但比如遗传、饮食等方面的可能性高危病因应该重点关注，这方面都是通过临床经验所总结。
1、遗传因素
在直肠癌患者家庭中，有很多都有癌肿的家族史，也有不少消化道肿瘤，由于正常细胞的基因发生改变，患癌病人体内由遗传得到一种易感性，加上某种激发因素，使组织细胞生长迅速，就会发展成为癌。细胞遗传基因突变，变为具有遗传特性的恶性细胞表现为癌肿的家族史。这种直肠癌的病因较为常见。
2、饮食因素
高脂肪、高蛋白低纤维素的所谓西方饮食被认为与直肠癌发生有关。西方国大肠癌高发地区，直肠癌发生率高，与此对比是南非斑替氏族摄取的是低脂肪而富有纤维素的粗糙食物，直肠癌发病率低。这些居民如移民至直肠癌高发地区，饮食结构改变，则发病率随之增高。因为高脂肪高蛋白食物能使粪便中甲基胆蒽物质增多，可引起胆酸分泌增加，被肠道内厌氧菌分解为不饱和的多不烃，此两种物质均为致癌物质。纤维素量减少，又使粪便通过肠道速度减慢，使这些致癌物质与肠结膜接触时间增加，而导致癌变机会增多。
3、腺瘤癌变
瘤性息肉可癌变，腺瘤可分管状腺瘤、绒毛状腺瘤及混合性腺瘤3种类型。管状腺瘤发生率高，绒毛状腺瘤癌变率高。腺瘤中有遗传性的家族性发性腺瘤，被视为癌前病变，一般在30岁以后发病，但也有在20岁以前发生癌变者。
4、炎症性肠病
溃疡性结肠炎及克隆病等由于肠粘膜破坏，溃疡修复增生、肉芽组织形成过程中发生癌变。血吸虫病虫卵在直肠粘膜沉积，慢性炎症刺激致癌变。
需要指出的一点是，直肠癌的预后，一定要保持高度的警惕，建议是，以术后采取综合治疗方式提高预后生存率，这方面包括抗癌治疗，比如抗癌药物的应用等。另外一个方面就是增强自身的抗病能力也是重点。
5.因肛裂、痔、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛门直肠周围脓肿。还有某些疾病如：溃疡性大、再生障碍性、全身营养不良等，使身体虚弱，抵抗力减低，而诱发肛门周围脓肿。
6.感染性因素：它是引起本病的主要原因。因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛门直肠周围脓肿。还有某些疾病如溃疡性大肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良等，使身体虚弱，抵抗力减低，而诱发肛门周围脓肿。
7. 也有认为是医源性因素：内痔插枯痔丁或注射疗法，因操作不当或药剂不洁感染形成粘膜下脓肿。直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成肛门脓肿。乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起肛门脓肿。局部麻醉感染，或油溶液注入后吸收不良，而形成脓肿。
8.手术后因素：临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴术后感染、产后会阴破裂缝合后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染等引起的脓肿。