胆管癌是个难以医治且快速致死的疾病，只有在肿瘤能以手术根除的情况下才有机会治愈。除非已有明确证据指出患者无法进行手术，多数案例要到手术进行当下才能评估手术成功率，因此患者多会先进行一次试探性手术马约诊所使用标准化的肝脏移植手术和严格的手术筛选条件，在早期胆管癌治疗中取得显著的成功；肝脏移植后的辅助性疗法在无法切除肿瘤的特定个案中有明显的作用。
辅助性化疗和放疗
由于有高达85%的胆管癌患者在手术后三年内复发，患者术后常会使用辅助性化疗或放疗以期增加治愈机会。若术后肿瘤组织边缘呈阴性反应（例如肿瘤已完全清除），辅助疗法不一定能带来好处，报告指出辅助性放疗可能产生正面或负面的结果；对于肿瘤已成功清除的病人而言，辅助性化疗似乎也没有意义。结合化疗和放疗的效果目前并不清楚。若术后肿瘤组织边缘呈阳性反应，代表肿瘤没有根除，一般会建议进行辅助性放疗和化疗。目前的研究结果显示化疗的效果似乎有优于放疗的趋势，针对化疗药物吉西他滨/顺铂的第三期随机对照试验已经在2014年注册。
后期治疗
胆管癌绝大多数的病例都无法以手术根除，患者通常会接受缓和性化疗，也可能配合放射治疗。随机对照试验的结果显示化疗在这些患者中能增进生活品质并延长寿命。目前没有单一的化疗用药常规，若状况允许，也常会建议患者申请临床试验。治疗胆管癌的化疗药物包括5-氟尿嘧啶/亚叶酸、单用吉西他滨或吉西他滨加上顺铂、爱莱诺迪肯或卡培他滨。一个小型的可行性研究指出酪氨酸激酶抑制剂厄洛替尼在后期胆管癌患者中可能是有益的。