胆管癌最常见的生理变化为肝功能异常、黄疸（胆管阻塞后，胆汁导致眼睛和皮肤变黄）、腹痛（30%–50%）、全身搔痒（66%）、体重减轻（30%–50%）、发烧（小于20%）、粪便和尿液颜色改变。症状的类别取决于肿瘤在胆管中的位置：位于肝外胆管者较可能发生黄疸；位在肝内胆者则较常发生腹痛，但不常伴随黄疸。
胆管癌患者的肝功能血液检验报告往往会呈现出各种“阻塞性”特征：意即胆色素、碱性磷酸酶、丙麸胺酸转移酶浓度上升，但转氨酶浓度正常，此类检验结果排除了发炎或肝实质组织感染的可能，明确指出黄疸的病灶来自胆管阻塞[6]。多数的胆管癌患者CA19-9浓度也会上升。