化脓性炎症
深牙周袋内壁的化脓性炎症向深部结缔组织扩展，而脓液无法向袋内排出时，可形成袋壁软组织内的脓肿;迂回曲折的、涉及多个牙面的深牙周袋，脓性渗出物不能顺利引流，特别是累及根分叉区时。
洁治或刮治
洁治或刮治时，动作粗暴，将牙石碎片和细菌推入牙周袋深部组织，或损伤牙龈组织;深牙周袋的刮治术不彻底，导致牙周袋的袋口虽然紧缩，但牙周袋底处的炎症仍然存在，没有得到引流。
牙髓治疗
牙髓治疗时根管或髓室底侧穿、牙根纵裂等，有时也可引起牙周脓肿。
全身疾病
机体抵抗力下降或有严重的全身疾病，如糖尿病等，容易发生牙周脓肿。对多发性或反复发作牙周脓肿的患者应注意排除糖尿病的可能性。
微生物
一些毒力较强的牙周致病微生物在牙周袋内定植和增殖，使感染加重和扩散。
病理改变
在牙周袋壁内有大量生活的或坏死的中性多行核白细胞积聚。坏死的白细胞释放多种蛋白水解酶，使周围的细胞和组织坏死、溶解，形成脓液，位于脓肿的中心。在脓肿周围有急性炎症区，表面的上皮高度水肿，并有大量白细胞进入上皮。
牙周脓肿