胎龄12周时，羊水中已有胆红素。这是由胎儿气管和支气管树分泌到羊水中的未结合胆红素。胎儿红细胞破坏后产生的未结合胆红素，极大部分通过胎盘到母体循环去清除，故新生儿刚出生时都无黄疸。
出生后，新生儿必须自己处理血红蛋白的代谢产物一未结合胆红素。但葡萄糖醛酰转移酶在足月儿要3～5天、未成熟儿要5～7天才成熟。加诸概述中已提及的各种新生儿胆红素代谢特点，就发生新生儿生理性黄疸。
1.胆红素生成过多
因过多的红细胞的破坏及肠肝循环增加，使血清未结合胆红素升高。常见的病因有：红细胞增多症、血管外溶血、同族免疫性溶血、感染、肠肝循环增加、红细胞酶缺陷、红细胞形态异常、血红蛋白病。
2.肝脏胆红素代谢障碍
由于肝细胞摄取和结合胆红素的功能低下，使血清未结合胆红素升高。常见的病因有：缺氧和感染、Crigler-Najjar综合症、Gilbert综合症、Lucey-Driscoll综合症、药物(如磺胺、水杨酸盐、吲哚美辛、毛花苷丙等)。
3.胆汁排泄障碍
肝细胞排泄结合胆红素障碍或胆管受阻，可致高结合胆红素血症，但如同时伴肝细胞功能受损，也可有未结合胆红素的升高。常见的病因有：新生儿肝炎、先天性代谢性缺陷病、综合症、胆管阻塞。