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脑脓肿是颅内一种化脓性疾病，而脑囊肿是颅内一种先天性的囊性病变。
脑脓肿内含脓液，而脑囊肿内含脑脊液。
脑脓肿一般症状非常重，包括发热、头痛、呕吐、抽搐，甚至昏迷。而脑囊肿一般没有临床症状，除非是囊肿体积巨大，有可能会造成癫痫、肢体偏瘫、头痛等症状。
脑脓肿无论大小都是需要治疗的，首先需要抗感染治疗，等脓肿壁形成之后，需要采取开颅脓肿切除术，术后继续抗感染治疗。脑囊肿如果没有症状，一般是不需要手术治疗的，也不需要特殊处理，只有当囊肿巨大引起临床症状时才需要手术治疗，手术一般是采取开颅囊肿切除，或者是行囊肿引流术。