一般来说，多囊肾的治疗方法包括一般治疗、止血治疗、抗感染治疗、尿路结石的治疗，以及控制高血压和手术治疗，此外如果患者进入终末期肾衰竭，还需要进行肾脏替代治疗。
一般治疗，患者不能多食含咖啡因的巧克力、咖啡以及浓茶，因为咖啡因可以刺激肾囊肿的生长，此外还需要避免肾毒性的药物。当囊肿较大，使要避免剧烈的体力活动和腹部受创，以免囊肿破裂。
如果出现肉眼血尿的患者，需要卧床休息，并给予止血药物治疗。如果出血量大导致血压下降的时候，需要及时输注血浆或血浆代用品。如果出现严重的贫血，需要输注红细胞悬液。
如果囊肿出现感染，还需要及时地抗感染治疗。如果有条件可以在B超或CT引导下行囊肿细针穿刺，抽取囊液做细菌培养和药敏实验，以及早临床选用抗菌药物。
对于控制高血压的治疗，要严格控制多囊肾患者的高血压，能缓解肾功能的损害的进展，降压目标为130/80毫米汞柱，而老年人可以适当放宽。对于高血压难以控制的多囊肾患者，可以进行囊肿去顶减压术，此手术有利于血压的控制。
