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甲状腺疾病是由多种病因引起的，一般有以下几种原因：
第一，碘源性因素。碘是合成甲状腺激素的重要物质，缺碘可引起甲状腺肿、甲状腺机能减退等，而过量摄入碘可以引起碘源性甲亢。
第二，自身免疫性因素。毒性弥漫性甲状腺肿为临床上常见的，通称为甲亢，它主要是由自身免疫过程和精神刺激等而诱发的。在甲减的病因中，慢性淋巴细胞性甲状腺炎又称为桥本氏甲状腺炎，它也是一种自身免疫性的疾病，甲状腺因炎性破坏出现甲状腺功能的减退症。
第三，家族遗传因素。家族遗传性酶缺陷可以引起甲状腺激素合成障碍，而导致甲状腺肿以及甲减。
第四，医源性因素，比如手术，放射性碘治疗、甲亢药物等，治疗不当，均可以引起甲状腺功能的减退，而服用甲状腺素过量则会引起药源性的甲亢。
第五，其他因素。感染可引起急性甲状腺炎，垂体肿瘤可引起垂体性的甲亢，发育不良也可引起甲状腺的先天性异常。
