肝脓肿治疗方案主要分为三种：内科治疗、经皮肝穿刺置管闭式引流术、手术切开引流。
（1）内科治疗：主要是使用药物清除细菌或阿米巴感染，反复穿刺吸脓，退热、止痛、补充营养等对症支持治疗。
（2）经皮肝穿刺置管闭式引流术：适用于病情较重，脓肿较大，有破溃风险者，或经内科治疗脓腔未见缩小者。通常在超声定位下进行穿刺，穿刺引流后根据情况可经引流管用等渗盐水（或加抗生素）缓慢冲洗脓腔，必要时可反复穿刺引流。
（3）手术治疗：适用于经抗感染治疗及穿刺吸脓而脓肿未见缩小、高热不退者；需要处理原发疾病（如肝内外胆管结石、胆囊炎等）者；脓肿经综合治疗不能控制者；脓肿已穿破入胸腹腔或邻近器官者。
肝脓肿辨证论治
一、中医疗法
肝脓肿有不规则的脓毒性发热，尤以细菌性肝脓肿更显著。肝区持续性疼痛，随深呼吸及体位移动而增剧。由于脓肿所在部位不同可以产生相应的呼吸系统、腹部症状。常有腹泻病史。
处方与用法：野菊花50克;生石膏100 克(先煎)金银花30 克，牛角100克(先煎)，莪术20克，元胡20 克，佛手20克，赤芍20 克，鱼腥草20克，败酱草20克，茯苓20克，茵陈20克。水煎服，日 1剂，分2次温服。热退痛止后，药量减半，继续服5-10剂以巩固。
功效：清利湿热，化瘀止痛，治细菌性肝脓肿，B超检查肝区有液平面，胁部疼痛，发热胸闷，纳呆，小便短赤，舌红苔腻，脉弦数等。
肝脓肿