咽鼓管功能障碍： 咽鼓管功能障碍 一般认为此为本病的基本病因。咽鼓管软骨弹性较差，当鼓室处于负压状态时，咽鼓管软骨段的管壁容易发生塌陷，此为小儿分泌性中耳炎发病率高的解剖生理学基础之一，腭裂病人由于肌肉无中线附着点，失去收缩功能，故易患本病。
感染： 过去曾认为分泌性中耳炎是无菌性炎症，近年来的研究发现中耳积液中细菌培养阳性者约为1/2-1/3，其中主要致病菌为流感嗜血杆菌和肺炎链球菌，细菌学和组织学检查结果以及临床征象表明，分泌性中耳炎可能是中耳的一种轻型或低毒性的细菌感染，细菌产物内毒素在发病机制中，特别是病变迁延慢性的过程中可能起到一定作用。
免疫反应： 小儿免疫系统尚未完全发育成熟，这可能也是小儿分泌性中耳炎发病率较高的原因之一，中耳积液中有炎性介质前列腺素等的存在，积液中也曾检出过细菌的特异性抗体和免疫复合物，以及补体系统，溶酶体酶的出现等，提示慢性分泌性中耳炎可能属一种由抗感染免疫介导的病理过程，可溶性免疫复合物对中耳粘膜的损害可为慢性分泌性中耳炎的致病原因之一。