引起非淋菌性尿道炎的根本原因是由于病毒细菌的感染，常见的致病菌有沙眼衣原体、支原体、滴虫、疱疹病毒、念珠菌等病毒菌，其中30%-50%非淋菌性尿道炎是由于沙眼衣原体感染导致，另外不洁的性生活、外伤感染、间接接触也是导致非淋菌性尿道炎重要原因。
1.不洁的性生活:由于非淋菌性尿道炎是一种性传播疾病，可以通过性接触进行传播，通常在感染后1-3周内发病。
2.外伤感染：由于有伤口，非淋菌性尿道炎类细菌能通过破裂的伤口侵入体内，繁殖然后病发。
3.间接接触传染：与非淋菌性尿道炎患者共用私密性物品，例如分泌物的毛巾、脚布脚盆、衣被等等，感染非淋菌性尿道炎细菌。