(一)发病原因
引起反应性关节炎的常见微生物包括肠道、泌尿生殖道、咽部及呼吸道感染菌群，甚至病毒、衣原体及原虫等。
这些微生物大多数为革兰染色阴性，具有粘附黏膜表面侵入宿主细胞的特性。
研究发现，许多反应性关节炎患者的滑膜和滑膜白细胞内可检测到沙眼衣原体的DNA和RNA，以及志贺杆菌的抗原成分。而衣原体热休克蛋白(HSP)、耶尔森菌HSP60及其多肽片段均可诱导反应性关节炎患者T细胞增殖。这些发现提示，患者外周血中的T细胞可能受到上述细菌的抗原成分的诱导。最近，有研究认为，骨骼上的肌腱附着点可能是反应性关节炎最初的免疫及病理反应发生的部位之一，并且是肌腱端炎发生的病理基础。
近年来，大量研究证明乙型溶血性链球菌感染与反应性关节炎的发病密切相关。除肠道及泌尿生殖道感染而致的反应性关节炎外，乙型溶血性链球菌感染是反应性关节炎的另一个常见原因。目前，讨论最多的问题是如何区别链球菌感染后反应性关节炎(PSReA)和风湿热。Birdi等在2001年对加拿大16所大学附属医院的儿童风湿病、心脏病及感染性疾病专科医师的调查发现，这些医师对链球菌感染后反应性关节炎的诊断标准、治疗方法及预防措施的应用各不相同。有些诊断链球菌感染后反应性关节炎的患儿在几个月后出现心脏炎，而且，不少诊断不典型风湿热者实为链球菌感染后反应性关节炎。
最近，Kocak等将乙型溶血性链球菌感染后关节炎/关节痛，但不符合修订的Jones风湿热诊断标准者诊断为链球菌感染后反应性关节炎(PSReA)。临床上，除关节炎外，这些患者尚可出现皮肤红斑、肌腱端炎、睾丸炎等。有研究提示，约6%的链球菌感染后反应性关节炎患者可在病程中出现心脏炎。一般认为，对这些链球菌感染后反应性关节炎患者仍应给予预防性抗生素治疗，以避免链球菌感染的进一步关节损害或者心脏炎的出现。
(二)发病机制
已经证明，肠道及泌尿生殖道感染引起的反应性关节炎多与易感基因HLA-B27有关，而链球菌、病毒、螺旋体导致的反应性关节炎一般无HLA-B27因素参与。但是，是否与其他基因有关尚无定论。
近几年的研究发现，反应性关节炎患者的HLA-B27阳性率达65%～96%。HLA-B27携带者发生反应性关节炎的机会增加50倍。但是，HLA-B27基因既不是反应性关节炎的惟一致病原因，也不是其必需的条件，该基因阴性者同样罹患反应性关节炎。家系研究发现，感染痢疾的HLA-B27阳性家族成员中并未全部发生反应性关节炎，而出现反应性关节炎者也并非均为HLA-B27阳性。但HLA-B27阳性患者的临床症状明显重于该基因阴性者。而且，HLA-B27阳性者容易发展成慢性反应性关节炎。研究提示，HLA-B27阳性者的反应性关节炎易感性与致病菌的种类有关。如在沙门菌引起者的HLA-B27阳性率为20%～33%，在支原体引起者为40%～50%，耶尔森菌引起者为70%～80%，而在志贺菌引起者则达80%～97%。
对HLA-B27在反应性关节炎发病中作用的研究发现，该基因阳性患者的中性粒细胞活性增强，并可能由此增强对致病细菌的免疫反应。同时，HLA-B27可延长细胞内病原菌的存活时间，从而增加T细胞对该病原菌及其抗原肽的反应性。
近几年来，HLA-B27通过分子模拟致病的假说受到质疑。因为，尽管克雷白肺炎杆菌与HLA-B27具有共同氨基酸序列，但是，这种序列并不仅限于致病菌。而且，利用特异性细菌抗原肽并未诱导出特异性T细胞或B细胞。因此，难以证实这些细菌是通过分子模拟机制在反应性关节炎的致病中发挥作用。
除HLA-B27之外，其他基因与反应性关节炎的关系已有不少研究。已经证明，HLA-B51、B60、B39及B7均可能增加反应性关节炎的易感性。HLA-B60和HLA-B27在反应性关节炎致病中有协同作用，而HLA-B39和HLA-B7则可见于HLA-B27阴性的患者，可能直接参与反应性关节炎的致病过程。另有研究发现，链球菌感染后反应性关节炎患者携带HLA-DRB1*01基因的频率增加，而相比之下，链球菌感染后发生典型急性风湿热的患者多为HLA-DRB1*16阳性。这些发现均为近几年试验研究的结果。但是，进一步的结论尚需更多的研究证实。