1、胸骨后烧灼感或疼痛
为本病的主要症状。根据迷走神经的分布，有时可放射至颈部、腭或耳部。常见的是放射到背部两侧肩胛间。烧灼感可经饮水或服制酸剂或含糖块刺激唾液分泌及食管原发蠕动而得到缓解。尤其在进食某些辛辣食物后最易发生，弯腰、用力或平卧时均可引起，直立位减轻，这是因采取直立姿势走动促进了食管清除的作用。体位性烧灼痛加重，高度提示为反流所致。胃酸缺乏者，烧灼感主要由胆汁反流所致，则服制酸剂的效果不著。烧灼感的严重程度不一定与病变的轻重一致。严重食管炎尤其在瘢痕形成者，可无或仅有轻微烧灼感。
2、胃、食管反流
每于餐后、躺体前屈或夜间卧床睡觉时，有酸性液体或食物从胃、食管反流至咽部或口腔。此症状多在胸骨后烧灼感或烧灼痛发生前出现。
3、吞咽疼痛
因食物团刺激发炎的食管或食管痉挛引起。痉挛性疼痛与烧心的分布和放射部位相同。食团在食管炎区及部分狭窄或运动功能不协调区使食管急性扩张，发生第三收缩或痉挛。病人可感到食物或液体在食管上方停顿，要等待食团向下行或饮水冲下，食团停顿上方的扩张食管可产生十分严重的疼痛。痉挛性疼痛亦可由反流引起。
4、咽下困难
初期常可因食管炎引起继发性食管痉挛而出现间歇性咽下困难。后期则可由于食管瘢痕形成狭窄，烧灼感和烧灼痛逐渐减轻而为永久性咽下困难所替代，进食固体食物时可在剑突处引起堵塞感或疼痛。
5、反胃
胃酸或胆汁反流进入口腔后壁说明胃食管有反流。胃内容物可被吐出或咽下，在咽及口腔内留着一种酸味或苦味，造成口臭或味觉损害，受慢性刺激的口唇可能有烧灼感。进食、用力或体位改变后均可发生反胃。常伴有胃肠胀气、呃逆。夜间反流还可引起咳嗽、吸入性肺炎或发生窒息。
6、出血及贫血
严重食管炎者可出现食管粘膜糜烂而致出血，多为慢性少量出血。长期或大量出血均可导致缺铁性贫血。
7、其他症状
反流物通过环咽括约肌进入咽喉，可造成喉、气管误吸，发生炎性声带息肉，易感病人易激发哮喘。弥漫性食管炎或侵入性溃疡可发生吐血，慢性失血。少数穿透性溃疡可发生食管穿孔。