西医治疗
由于抗生素可能会引起腹泻或促进耐药菌生长，即使胃肠炎的致病菌已经明确，抗生素通常也不建议使用。但是，某些病原菌（如弯曲杆菌、志贺菌、霍乱弧菌等）感染或患者有旅行者腹泻，可使用抗生素。
对于病毒感染所致的胃肠炎，抗生素并无效果。寄生虫感染所致胃肠炎需使用抗寄生虫药物。
治疗方法如下：
（1）去除病因，卧床休息，停止一切对胃有刺激的饮食和药物。酌情短期禁食，然后给予易消化的清淡的少渣的流质饮食，利于胃的休息和损伤的愈合。
（2）鼓励饮水，由于呕吐腹泻失水过多，病人在尽可能情况下多饮水，补充丢失水分。
（3）止痛。应用颠茄片、阿托品、654-2等。可局部热敷腹部止痛（有胃出血者不用）。
（4）伴腹泻、发烧者可适当应用黄连素、氟哌酸等抗菌药物。病情较轻者一般不用，以免加重对胃的刺激。
（5）呕吐腹泻严重，脱水明显，有必要进行静脉补液。呕吐剧烈时可加用止吐药。
中医治疗
中医学没有肠炎的病名，但根据其病的临床特点，属中医学的腹痛、腹泻范畴。
其对症治疗方法如下：
1.脾虚泄泻证，补中益气丸或人参健脾丸加减。
2.肾阳虚衰泄泻证，附桂八味丸或附子理中丸加减。
3.肝气乘脾泄泻证，痛泻要方或逍遥丸服用加减。