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清热燥湿、清热泻火、清热解毒、止血、清热安胎。
传统中医认为，黄芩味苦，性寒；归肺、胆、脾、胃、大肠、小肠经。黄芩还能清热燥湿，可以用于湿温、暑热、淋证、黄疸、泻痢等多种湿热证。黄芩能清热泻火，可用于肺热咳嗽、高热烦渴。黄芩还能清热解毒，可治热毒痈疮。黄芩有止血功效，可用于血热出血证，如血热妄行之吐血、衄血、便血、崩漏等证。黄芩有清热安胎作用，可以用于治疗胎热所导致的胎动不安。
现代医学研究表明，黄芩含有黄酮类、挥发油类，氨基酸类以及葡萄糖、蔗糖、淀粉等化学成分。黄芩有较广的抗菌谱，对多种细菌有不同程度的抑制作用，对金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、霍乱弧菌的抑制作用较其他多种中草药为强。黄芩苷、黄芩苷元对豚鼠离体气管过敏性收缩及整体动物过敏性气喘，都有缓解作用，并与麻黄碱有协同作用，能够降低小鼠耳朵毛细血管通透性。本品还具有解热、降压、镇静、保肝、利胆、抑制肠管蠕动、降血脂、抗氧化、抗肿瘤等作用。黄芩水提物对前列腺素生物合成有抑制作用。