腘窝囊肿唯一有效的治疗方式是手术治疗,手术治疗分为后方入路腘窝囊肿切除手术,和前方入路关节镜下腘窝囊肿切除术。后方入路腘窝囊肿切除手术,就是传统的手术治疗方法,从膝关节的后方切开皮肤、皮下组织,剥离腘窝囊肿的囊壁,结扎囊肿的蒂部,切除全部囊肿,然后将破裂的关节囊缝合。传统的手术方法切口比较大,损伤比较重,而且有一定的复发几率,因为不能够同时处理关节内的疾病,现在流行的是前方入路关节镜下切除手术,它不仅可以将腘窝囊肿切除,并且可以同时处理关节内的疾病,如关节腔的清理和半月板的处理,同时可以将单向膜瓣变成双向膜瓣,解除了形成囊肿的机制,复发率明显降低。