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宝宝脑炎后可能会出现各种功能障碍，因为大脑是我们人各种功能总体的指挥部，出现问题的话，会出现智力的问题，语言障碍的问题，肢体的瘫痪问题，情绪障碍的问题，还有行为异常等等，积极的、早期的、综合的、全面康复干预治疗，尤其是在急性期就开始介入治疗，应该说是能够取得最好的康复治疗效果，在现代的康复理念，急性的早期康复是非常提倡的。
康复治疗会包括有物理治疗，譬如说运动康复，还有神经肌肉电刺激、理疗，还有神经的调控治疗，直接针对大脑皮层的电刺激治疗，还有认知、语言的训练，中医治疗等等，大部分脑炎的宝宝通过这样积极的训练治疗，是基本可以恢复正常功能的。
当然，也有少数脑组织损伤非常严重的，尤其是伴有意识障碍持续时间比较长的宝宝，后期预后可能不佳，像这类宝宝如果说超过一个以上，意识都不能恢复的孩子，后期可能会不可避免的遗留有功能障碍，甚至有极少数后期呈永久的植物状态，不能够恢复。总体来说，脑炎后的宝宝，通过积极的康复干预，大部分恢复是比较好的，尤其是在六个月之内的康复治疗，对他的预后有很大的帮助。
