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肝素常用于不明原因的反复自然流产的女性，临床的话常用低分子肝素，反复性自然流产的病因非常复杂，除了胎儿染色体异常，胎儿解剖结构异常，感染内分泌、血栓前状态及免疫功能紊乱都有关系。
反复自然流产的患者往往血液处于高凝状态，机体凝血功能增强，纤溶功能降低，胎盘血液灌注不足，导致胎盘纤维沉着，胎盘梗死灶，从而引起胚胎缺血、缺氧，最终导致胚胎发育不良及流产。
复发性流产是困扰育龄期妇女的一种常见疾病，肝素因为可以调节滋养细胞生长，抑制滋养细胞凋亡及诱导滋养细胞侵袭的过程，可通过抑制经典的补体激活途径发挥抗炎作用，具有抗炎的活性，可阻碍纤维蛋白原转变为纤维蛋白，阻止血小板聚集和释放，保护血管内皮细胞功能及局部抗炎的作用。
因此，临床常用肝素来改变宫内的微环境，促进胚胎的生长发育，临床上常用的有两种，一种是肝素，还有一种是低分子肝素，而低分子肝素因为它对凝血功能的影响较小，使用起来安全、有效、方便，应用比较广泛。一般用药时间到妊娠的12周，也有医生用肝素联合小剂量阿司匹林来治疗复发性流产。
