疱疹性咽峡炎传染性强,流行快,夏秋季节发病率高,主要累及1-7岁儿童。有症状的患者及无症状或隐性感染者都是重要的传染源,病程第一周阳性率达高峰,以后逐步下降,一般在呼吸道持续排出病毒1-3周,在粪便持续排泄病毒可长达2-3月,感染后持续排毒对于传播感染也具有重要意义。
主要在人和人之间经粪口传播,患者早期也可通过呼吸道分泌物传播,间接经手、衣物、玩具等传播也不能忽视,尤其在集体儿童机构中,如肠道病毒引起的急性结膜炎,眼泪中可排病毒,经手和污染物传播。肠道病毒也可经胎盘自孕母传给胎儿引起胎儿宫内感染,新生儿分娩时暴露于母亲的具有感染性的分泌物和血液也可以发生感染。