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肾盂肾炎的治疗原则是：控制或预防全身脓毒血症的发生，消灭侵入的致病菌和预防再复发。肾盂肾炎的治疗包括一般治疗和药物治疗。一般治疗为清淡饮食，多饮水，碱化尿液。因急性肾盂肾炎常累及肾实质，有发生菌血症的危险性，应选用在尿液及血液中，均较高浓度的抗菌药物，如：左氧氟沙星、头孢菌素类，青霉素类。
对于轻、中度患者可通过口服药物给药。对发热超过38.5℃、肋脊角压痛、白细胞升高等，出现严重的全身中毒症状、考虑有脓毒血症者，首先应予以胃肠外给药，静脉点滴或肌肉注射，在退热72h后再改用口服抗菌药物，常用抗生素有左氧氟沙星、头孢菌素类，青霉菌素类，总共完成2周疗程。
而慢性肾盂肾炎一旦诊断明确，应积极控制感染、缓解症状，并尽可能纠正和去除，患者存在的泌尿系统功能和解剖异常。（用药请遵医嘱）
