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引起小儿腹泻的原因主要有感染因素和非感染因素：
感染因素包括肠道内感染和肠道外感染，以及滥用抗生素引起的菌群失调紊乱。肠道内感染由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。肠道外感染如中耳炎、上呼吸道感染、急性传染病时，可由于发热、感染原释放的毒素、抗生素治疗、直肠局部激惹作用而并发腹泻。
非感染因素包括饮食因素和气候因素。
其中饮食因素又包括：
一、喂养不当：多为人工喂养，原因为：喂养不定时；饮食不当；突然改变饮食品种，或过早喂给大量淀粉或脂肪类食物；肠道刺激物如调料、富含纤维素的食物也可以引起腹泻。
二、过敏性腹泻：对牛奶、大豆过敏引起腹泻。对牛奶过敏者较多。
三、原发性或者继发性双糖酶缺乏或者活性降低，肠道对糖的消化吸收不良，使乳糖积滞而引起腹泻。
气候原因则是因为气候突变、腹部受凉使肠蠕动增加；天气过热消化液分泌减少或由于口渴饮奶过多等，可能诱发消化功能紊乱而导致腹泻。
