耳鼻咽喉头颈外科是北京同仁医院传统的重点学科，与北京市耳鼻咽喉科研究所结合形成了国内具有代表性的专科特色，现为卫生部国家临床重点专科、教育部国家重点学科。2002年，耳鼻咽喉头颈外科与北京市耳鼻咽喉科研究所共同组建成立北京市耳鼻咽喉头颈外科研究中心，耳鼻咽喉头颈科学教育部重点实验室、WHO防聋合作中心、北京市人工听觉技术生物工程中心、国家生命科学与技术人才培养基地—北京市耳鼻喉科学院等均落户我中心。 耳鼻咽喉头颈外科下设耳科、鼻科、咽喉科和头颈外科四个亚学科，设床位255张，目前门急诊量超过30万人次，年出院量8600余人次，年手术量9000余例次。中心现有主任医师19名，副主任医师18名，研究员4名，副研究员1名;博士生导师8人，硕士生导师15人。科室与耳鼻喉科研究所结合成立了人工听觉技术中心、听觉前庭生理中心、新生儿听力康复中心、变应性鼻炎诊疗中心、肿瘤生物学实验室、临床解剖学实验室、药物研发部、睡眠医学中心、嗓音医学中心等多个诊疗平台。