济南市第二人民医院眼科囊括：眼底疾病专业、白内障专业、眼表疾病专业、青光眼专业、激光专业、眼外伤专业、中医眼病专业、斜弱视及小儿眼病专业、眼眶病专业、眼整形美容专业、屈光手术中心、泪器病专业及医学验光配镜中心。
眼底病专业是济南市第二人民医院的重点专业，每年完成的眼底病手术量位居全省前列，临床和科研成果丰硕，其技术水平、专家力量、仪器设备及治疗复杂疑难眼底病的技术水平居国内领先，山东省糖尿病眼病防治中心也设在本院。专业组拥有主任医师4名，副主任医师3名，硕士研究生导师2名，博士3名，硕士3名。配有国际先进的诊疗设备，如海德堡眼底造影仪、欧堡全景200眼底照相机、Zeiss眼底照相仪、法国光太多波长激光治疗仪、半导体红外激光治疗仪、眼科B超仪、罗兰眼电生理仪、Alcon accrus 400、Alcon accrus 800玻切仪、Alcon constellation玻璃体切割仪、博士伦玻璃体切割仪、蔡司（Zeiss）高端手术显微镜等。
专业组瞄准国内外眼底病前沿课题，广泛开展了白内障摘除联合玻璃体手术治疗各期增殖性糖尿病视网膜病变和复杂性视网膜脱离；黄斑裂孔内界膜撕除术、轻重硅油注入术治疗复杂眼底疾病等高端手术；拥有常规20G、微创23G、25G玻璃体切割系统，广泛用于治疗各种增殖性糖尿病视网膜病变、复杂视网膜脱离等疾病；在眼内填充物方面有普通硅油和重硅油、惰性气体等。黄斑疾病的玻璃体手术和内界膜撕除手术、各期严重糖尿病视网膜病变的联合手术、复杂视网膜脱离手术及微创玻璃体手术的开展使得我市二院手术技术水平处于国内领先地位。
近年来，专业组开展了中浆的光动力激光（PDT）治疗、息肉样脉络膜病变（PCV）的PDT激光治疗、湿性老年性黄斑变性（AMD）以及各种原因导致的黄斑水肿的的抗新生血管玻璃体腔内注药（雷珠单抗、康伯西普），取得了良好的疗效。进行了《黄斑下脉络膜新生血管新技术诊断与治疗临床研究》、《老年性黄斑变性发病机制的探讨和新技术治疗的临床研究》，利用ICGA对脉络膜新生血管（CNV）进行分型定位，指导激光治疗，填补了国内空白，并分获山东省科技进步二等奖、三等奖，市科技进步二等奖。
白内障专业是医院规模最大的眼科临床专业科室，目前拥有主任医师3名，副主任医师5名，主治医师4名，其中博士3名，硕士6名，早在上世纪九十年代初，就在济南市率先开展了白内障囊外摘除联合人工晶状体植入术、白内障超声乳化吸除术等先进的手术方式，在省内首创了白内障小切口手法碎核技术。
近年来，相继开展了小切口碎核囊外摘除术、折叠人工晶状体植入术、双手微创式白内障手术联合人工晶状体注入术等国际先进的白内障手术和复杂白内障手术。在开展新技术的基础上，同时引进了更加先进的人工晶状体，包括非球面人工晶体（可以减少球面相差，提高视觉质量）、散光人工晶体（可以在治疗白内障的同时矫正散光）、多焦点人工晶体（可以为患者提供远、中、近全程视力的IOL），包括:双焦点人工晶体、三焦点人工晶体、新无极人工晶体、区域折射型人工晶体等、可调节人工晶体（可以提供较好的调节能力，接近正常人眼的生理状态）以及屈光人工晶体ICL植入（因角膜因素无法进行准分子或飞秒激光治疗的近视眼患者），手术水平已达国际领先水平。手术设备不断更新，引进了国际最先进的德国Zeiss手术显微镜、美国博士伦Mellinium智能型超声乳化仪、爱尔康最新超声乳化仪Centurion、Zeiss CALLISTO eye术中导航系统、OQASII客观视觉质量分析系统及手术录像数字化工作站等国际一流设备。
积极开展临床和基础方面的科学研究，在国家级核心期刊上发表学术论文数十篇，科研课题获省、市科技进步奖，科研水平经专家鉴定达国际先进水平，为提高手术周转效率，满足患者的需求，科室开展日间病房，患者术后观察1-2小时就可以回家。白内障专业每年为4000余例白内障患者解除失明的痛苦，使他们重见光明。
眼表疾病是眼科常见病，主要是指由于各种原因导致泪膜、结膜、角膜发生病理性改变从而影响正常眼表功能的疾病，是眼科主要致盲原因之一。济南市第二人民医在全省率先开设了眼表疾病专业。早在上世纪八十年代末期，经过我院老一辈专家卢信义、张华、张玉光等教授的不懈努力，在济南市率先开展了角膜移植手术，并创建了济南市第一个眼库。
现任主任王旭主任医师为眼科学博士，角膜病专业硕士生导师。目前科室拥有主任医师3名，副主任医师2名，博士2名，硕士4名。具有国内领先水平的检查和治疗设备包括：角膜胶原交联仪、OPT激光仪、多功能眼表分析仪、Avodro角膜交联仪、共焦显微镜、前节OCT、角膜生物力学测量仪、角膜角膜地形图仪、角膜测厚仪、睑板腺功能检查仪和眼前节照相系统等。能够开展包括穿透性角膜移植术、深板层角膜移植术和角膜内皮移植术、角膜胶原交联术、光脉冲治疗MGD在内的各种高端角膜疾病治疗技术，每年能够完成各类角膜移植手术120台以上，在全省名列前茅，在全国也有一定的影响。
深入基础和临床研究，提高医疗服务水平 眼表疾病科全体医务人员经过长期不懈地努力，在提高临床业务水平的同时，不断深入临床和基础理论的科研研究，已完成“角膜房水FAS和FASL与角膜疾病的关系”“角膜移植手术的环节要素”、“超声乳化手术对角膜内皮的化学性损伤”、“羊膜移植术后的转归”、“角膜器官培养法保存角膜的临床应用”、“干眼症流行病学调查”、“真菌性角膜炎的诊疗”、“眼表羊膜移植（羊膜镜）”、“银离子治疗角膜炎”、“无力矩双连续缝合法提高角膜移植效果”等研究，并在“真菌性角膜炎”的治疗方面探索出一套更为成熟的治疗方案，临床效果显著。
目前研究的侧重方向包括“角膜生物力学测量和角膜生理的基础研究”、“ 应用抗VEGF结膜下注射治疗眼化学烧伤”、“眼表疾病基因芯片检测研究”、“感染性角膜疾病基础和临床研究”、“干眼症光动力治疗”等。已经在国内率先开展了角膜胶原交联术（Corneal Cross Linking,CCL）,使部分角膜病患者避免了手术创伤，并取得了良好的治疗效果；积极开展“干眼症门诊”的建设；与屈光手术中心合作开展Intralase飞秒激光辅助完成的穿透性角膜移植术、板层角膜移植术、角膜内皮移植术及角膜散光治疗；与白内障、青光眼等专业联合研究相关术后眼表变化情况，进一步提高相关手术治疗效果。加强眼库建设，深化国际合作 眼库建立了完整的管理机制和角膜捐献制度，有固定专业技术人员一人。拥有标准化的细胞培养室、无菌处置室和组织保存设施。
相继引进了HAI实验室角膜内皮检查仪、相差倒置显微镜、细胞培养箱、动物实验手术显微镜、电子天平和深低温冰箱等先进设备。能够为临床提供标准、安全、高质量的角膜和羊膜供体材料，使得角膜移植患者无需再等待角膜来源。近年来，眼表疾病科与美国、德国及澳大利亚等国际著名眼科机构建立了长期战略合作关系，与美国明尼苏达大学眼科系眼库建立了长期合作关系，定期派出优秀的医生赴美研修，为加强角膜病基础研究培养人才。
青光眼专业自上世纪以来就享有盛名，以芦信义主任为首研制的我国首台红宝石激光治疗仪用于青光眼的非手术治疗取得良好效果。80年代，我院引进了世界上先进的氩氦激光治疗仪用于青光眼的非手术治疗，并在国内率先开展了激光小梁成形术，在省内率先开展了青光眼的显微手术。
专业组拥有主任医师2名，副主任医师3名，博士2名，硕士4名。多年来，专业组不断引进国外先进诊疗设备和技术手段，采用现代检测手段与临床经验相结合，使青光眼专业始终走在了我省的前列。专业组配有世界上最先进的Humphrey视野计、共焦激光扫描仪（HRT-Ⅱ）、超声生物显微镜（UBM）、非接触式眼压计、Goldmann眼压计、前房角镜、SLT激光治疗仪等设备，先后开展了小梁切除术、房角切开术、房角分离术、非穿透性小梁切除术、青光眼白内障联合术、青光眼引流器植入术等，对青光眼的早期诊断有独到之处，对于处理疑难复杂青光眼有丰富的经验，并在提高手术成功率减少术后并发症方面做了大量的动物实验和临床研究。
近年来，专业组开展了多项科研课题，如《粘弹剂在小梁切除术中的应用及动物实验》、《近视眼合并青光眼相关因素的研究》、《青光眼小梁切除联合生物羊膜植入的实验研究》、《眼底激光扫描仪在近视眼中的应用研究》等。在各级专业刊物上发表论文数十篇。同时为减少青光眼致盲率，在青少年低视力筛查，青光眼普查，青光眼性格调查，青光眼患者的健康宣教等方面做了大量的社会工作。并为全省培养了大批的临床眼科医师。青光眼专业病房，被评为“济南市巾帼文明岗”、“济南市优质护理示范病房”。