北医三院消化科，作为第一批国家临床重点专科，成立于1958年北医三院建院之初。其前身为内科消化组，在几代人的不懈努力下，发展为集门诊、病房、胃肠造影室、胃肠动力室、病理实验室、内镜室为一体的北京大学消化疾病研究中心。 1958年建科之始，郑芝田教授从北大一院调至北医三院创建内科教研室并担任内科主任，带领消化科开展胃镜、诊断性腹腔镜、肝穿刺等检查，使得我科成为当时国内开展消化内镜检查技术最早的单位之一，多位知名专家都曾来我科学习。我科内镜的使用过程见证了我国消化内镜技术的发展，从最早的硬式内镜，半可屈式胃镜，纤维胃镜，到电子内镜，电子色素内镜，放大内镜，蓝激光内镜。每一次技术的进步、每一项成功的跨越都凝聚了前辈们无数日夜和心血。 1984年9月经北医及北医三院领导批准，消化科从内科分离出来成立独立的北医三院消化科，李益农教授任科主任。1985 年在卫生部及北医领导支持下，消化科建成面积 300m2 的临床实验基地。整个建筑分为两层，一层为内镜室，引进先进的诊疗设备，包括电子内镜、超声内镜、超声腹腔镜等；二层为实验室，包括病理生理室、生化室、细胞室等。消化科研究基地的建立在当时国内尚属少见，为消化科的发展奠定了基础。 1985年5月经北医批准成立了北京医科大学消化疾病研究中心，标志着消化科已形成一个包括独立门诊、急诊、病房、内镜室、实验室、 X-线检查室在内的完整、独立的医教研体系，为学科的快速向前发展提供了有利的条件。李益农教授全力辅助郑芝田教授，在消化疾病中心的建立和发展中做了大量工作。 2006年，内镜室建筑面积增至600余平方米。2007年在富士能公司投资基础上，消化科成立内镜培训中心，成为全国消化医师正规内镜培训基地。 2016年底，成为国家首批 ERCP 培训基地。目前内镜室拥有以下先进设备：电子内镜主机，Doppler 电子超声胃镜（环扫、扇扫、小探头），胶囊内镜，电子双气囊小肠镜，新型电子结肠镜，新型电子十二指肠镜，内镜超声微探头，超细经鼻胃镜，电子放大内镜+FICE 系统，内镜蓝激光影像诊断系统。消化科病理室拥有 Nikon80i 显微镜，Nikon SMZ1500 实体显微镜等。消化科胃肠造影室则拥有东芝数字胃肠 X 光机这样的先进设备。 2012年科室床位由原先的31张增加到39张，2014年增加为两个病房，共 60张床位。2012年启用新的内镜中心。多年来北医三院消化科开创了国内多项内镜的第一:1974年率先开展 ERCP技术，1982年率先开展放大内镜和单人结肠镜检查，1985年率先开展超声内镜，1991 年率先开展早期胃癌内镜下治疗技术，1995年率先进行经皮内镜下胃造瘘技术，这些先进的技术和设备为临床病人的诊治解决了很多疑难问题。2009年成为国家临床重点专科。发展先进内镜技术的同时，消化科同期先后建立了胃肠造影室、消化病理实验室。1978 年包括消化病理室在内的北医三院消化疾病研究室创立，而叶嗣懋教授在消化病理室的建立过程中做出了重要贡献。1980年林三仁教授将日本的气钡双重对比造影技术引入我科，为早期胃癌的发现提供了有力手段，成为国内第一家开展气钡双重对比造影技术的科室，这项技术的先进性一直保持至今，尤其是小肠气钡双重对比造影技术，目前仍有大量外地和北京多家知名医院转诊病人至我院。郑芝田教授自建院之初即筹建消化病理室，开展了壁细胞抗体、甲胎蛋白检查等当时国内先进的实验室检查技术，将胃黏膜活检与胃镜检查所见相结合是国内首创，为临床患者带来了福音。