男人小便龟头痛可能是尿道炎或尿道结石所引起,如果男性患有淋菌性或者是非淋菌性的尿道炎,在排尿时可能会出现尿道疼痛的症状,可放射至龟头部位,导致龟头部位疼痛,还伴有龟头部位脓性分泌物增多等症状。在确诊以后,应当使用头孢菌素类或喹诺酮类的抗生素予以治疗。当男性存在尿道结石时,排尿时,结石可能会对尿道造成损伤,就会导致龟头部位出现放射性疼痛。