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大部分卵巢囊肿是可以怀孕。但对于女性在怀孕前如果检查出超过5厘米卵巢囊肿，尤其是排除生理性囊肿的情况，一般建议先手术治疗后，再准备怀孕更好。
因为卵巢囊肿越大对卵巢功能影响越大，甚至会引起卵巢无功能，从而引起不孕的可能。对于女性如果是卵巢巧克力囊肿，就会引起不孕的可能，一般这种情况需要积极的治疗，经量保留卵巢的功能。
对于女性在怀孕后发现的卵巢囊肿，如果无身体其他不适，可以继续妊娠，严密观察囊肿的情况，等剖腹产或分娩后再处理。对孕期卵巢囊肿发生扭转，破裂等急腹症情况下，就需要积极处理，同时还需要保胎处理。