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女性阴道菌群失调一般都是阴道内环境的平衡破坏，或因女性抵抗力，免疫力下降导致，因此需要针对原因不同予以不同处理。对于女性因基础疾病如，糖尿病使用抗生素事件过长，免疫系统疾病导致的阴道菌群失调，一般就需要停用抗生素，予以增强自身免疫力，适当的加强营养，运动，从容增加自身的抵抗力，阴道内环境也会逐渐恢复平衡，从而到底菌素失调自愈的可能。
对于是因过度使用阴道用药，改变阴道的酸碱度导致的菌群失调，就需要停药，必要时予以抗厌氧菌的药物治疗。因此对于阴道内菌群失调，主要是提高自身的免疫力，不过多使用药物阴道灌洗等，对于存在严重的菌群失调，有不适症状的，就需要予以克林霉素等抗厌氧菌药物局部或口服处理。