上呼吸道感染的病原体感染大多数情况下是病毒感染引起,例如鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流感和副流感病毒、呼吸道合胞病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒等。
小数上呼吸道感染可以由细菌感染引起,例如溶血性链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、葡萄球菌等。还有少数患者可以合并支原体、衣原体的感染,偶有少许革兰氏阴性细菌感染。