卵巢早衰的发病原因不明确,但是跟遗传疾病和染色体异常有关,超过80%的半乳糖血症的女性伴有卵巢早衰,自身免疫性疾病也会引起卵巢早衰,最常见的是自身免疫性甲状腺炎。
放疗或者化疗也是引起卵巢早衰的原因,受到一些病原菌和病毒的感染,也会导致卵巢早衰,接触化学毒素也会引起卵巢早衰。卵巢早衰在子宫内膜异位症患者比较多见。