巧克力囊肿在超过5厘米的时候就需要进行手术,因为超过5厘米的巧克力囊肿容易出现扭转,也容易出现破裂。一旦巧克力囊肿出现破裂,就可能导致内膜异位的病灶在盆腔内种植,就会出现严重的不良反应。所以建议女性在巧克力囊肿偏大的情况下尽快手术,手术可以选择腹腔镜手术,手术恢复比较快,术后继续配合药物治疗,避免巧克力囊肿出现复发。