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HPV感染后，并不通过手术来治疗，通过手术也常常不能根治，只有在有病变时才可能需要手术。
无论是低危HPV感染还是高危HPV感染，到目前为止没有特别有效的治疗措施，但是大约有80%左右的病人在感染高危病毒一年之内有可能会自行转为阴性。20%的病人会发生持续性感染，而高危HPV的持续感染，有可能会导致宫颈癌外阴癌等等，所以要定期的复查，而并不是用药物进行治疗。
如果是低危型HPV感染，常常是HPV6型HPV11型引起的生殖道尖锐湿疣，可以用激光治疗湿疣，但是即使是湿疣被清除了，体内的HPV病毒也并不一定转为阴性，只有机体抵抗力增强的情况下才可能使HPV病毒毒转为阴性。