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大便不成形，颜色深最常见的原因是消化疾病导致的。因为消化疾病很容易导致消化道出血，若出血量较少，停留在肠道内时间较短，也就很容易诱发大便不成形、颜色较深。
当食管、胃部、十二指肠、空肠上段以及胰腺或胆道等上消化道表现出血症状是红细胞中血红蛋白铁元素，在肠道细菌的作用下与硫化物进行结合，最终就会使大便呈现深色的状态。
当上消化道出血时，大便质地的软硬和颜色也会产生改变，而这种改变主要取决于上消化道出血的部位、出血量和出血速度等问题上面。若患者出血量大，出血速度较长，而且停留肠道内时间较短，大便质地就会变得很软，而且接近流质，大便颜色也会由深变浅。若上消化道出血较少，出血速度较慢，停留肠道内时间较长，大便就很容易出现不成形，并且颜色较深的问题。
当出现了这种问题的时候，患者应该在医生的指导下去针对病因去用药治疗，比如肠道炎症的可以使用肠炎宁片，比如胃出血可以使用可以服用奥美拉唑胶囊和止血敏来治疗。