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生理性卵巢囊肿3.5厘米是不严重的，病理性卵巢囊肿3.5厘米是否严重与性质有关。
1、生理性，部分女性会在月经的后半期出现生理性的囊肿，这并不会对周围组织造成影响，当月经停止后可自行消失，这种情况下是不严重的。
2、病理性，它是否严重是跟性质有关的，如果是良性的卵巢囊肿，一般不属于很严重的情况，治疗起来也并不复杂，治疗效果也非常好，不用特别担心。但如果卵巢囊肿是一个性质不好的或者是恶性的，那可能就属于严重的情况了，治疗起来可能就非常复杂了，所以是不是严重一定要根据它的性质来决定，然后再看是不是需要立刻治疗或者需要综合治疗。