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一般情况下，采用注射器怀孕这种方法是不会导致胎儿畸形的，也就是说宝宝畸形和采用注射器怀孕这种方法没有太大关系，胎儿畸形的致病因素多种多样，主要还是和遗传因素、药物因素、母体原因、接触有毒有害物质、致病生物感染、腹部外伤、不良生活习惯等有关。
遗传因素
如果说父母双方的遗传物质存在一定的异常，那么就可能导致宝宝畸形，比如如21-三体综合征、血友病等疾病，就可能是父母基因或染色体异常，导致的胎儿染色体数目异常、结构异常以及基因突变。
药物因素
孕期服用致畸药物也可能导致宝宝畸形，比如常见的避孕药、抗生素、璜胺类药品、阿司匹林、性激素、沙利窦迈、安眠镇定剂、抗癌药、抗凝血剂、抗癫痫药等药物，都有一定的可能导致宝宝畸形。
母体原因
如果说母体年龄太大或者太小，都可能导致宝宝畸形，比如孕妇年龄大于35岁或小于18岁。还有就是孕妇患有糖尿病、羊水过多等疾病，都会引起胎儿畸形。
有毒有害物质
主要是过多地接触洗涤剂，一些放射线，还有化学毒物如苯、亚硝胺、铅以及农药等，都可能导致宝宝畸形。
致病生物感染
如果孕妇在怀孕期间感染了一些致病生物，比如细菌、病毒感染，可能会使胎儿的遗传物质发生变异，导致宝宝畸形。
腹部外伤
一些腹部外伤可以使宝宝机体受到压迫，比如强烈的撞击、医源性孕早期介入检查等，从而有可能导致宝宝畸形。
不良生活习惯
平时一些不良生活习惯，比如吸毒、吸烟、酗酒等，也有可能导致宝宝畸形。