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怀孕41天B超看不到孕囊的情况需要分情况分析，由于排卵推迟、受孕时间较短等因素导致看不到孕囊是正常的，由于宫外孕引起在宫内看不到孕囊的情况，这是由病理而引起出现的不正常现象。
排卵推迟、受孕时间较短
怀孕后，超声检查到孕囊的时间比抽血化验、早孕尿检都晚，如果孕妇自身存在月经不规律的情况，会导致着床过晚，从而出现的看不到孕囊的情况。
宫外孕
属于孕妇体内孕卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠现象。超声检查结果显示宫腔内未出现妊娠囊，而在输卵管、宫颈、卵巢等宫腔外部位看到妊娠囊或胎心搏动的现象。
建议在怀孕41天没有检查到孕囊的孕妇，再观察一周，大多数孕妇在一周后可以在宫内检查到孕囊。对于确诊为宫外孕的孕妇，需要及时在医生的指导下通过药物或手术来进行治疗。