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胃肠化目前不能被完全治愈，但可通过抗幽门螺旋杆菌以及其他胃药控制症状和病情，胃肠化吃奥美拉唑、西咪替丁等西药缓解症状或者是白术、茯苓、麦芽中药等调节胃黏膜和功能，建议根据个人病情，在医生指导下选用合理方案治疗，以免病情恶化。
1.奥美拉唑、西咪替丁等西药，胃肠化主要是幽门螺杆菌感染导致的一种疾病，患者胃黏膜上皮细胞被肠道上皮细胞所代替，治疗上多以奥美拉唑、西咪替丁、枸橼酸铋钾等药物为主；在此基础上还可根据患者病情，选用阿莫西林、克拉霉素药物辅助治疗7-14天时间。
2.白术、茯苓、麦芽中药，大部分胃肠化都伴随有反酸、恶心以及食欲不振等不适症状，白术、茯苓、麦芽中药煎服可很好改善上述症状，具体服药时间、剂量等建议根据患者病情、病程等决定，如有胃炎疾病，也可以同步得到改善。
奥美拉唑、西咪替丁以及白术茯苓麦芽是当前治疗胃肠化的主要方案，但还是检查病情，定期复查胃镜，根据专业医生指导用药。